1、水热反应釜第一次清洗时，稍微往内胆中加一些碱或水煮一段时间。第一次使用水热反应釜的时候，一定不要迅速加热，要慢慢的程序升温也不能使温度过高，否则PTFE内衬容易变形。从150摄氏度开始分别保持几小时，之后再在200摄氏度再保持几小时，随后取出自然冷却。之后再进行实验温度上200摄氏度时水热反应釜的内胆就不出现变形的情况了。
2、水热合成反应釜反应介质不同，清洗的方法也不同
水热反应釜的催化剂不同，清洗方法也不同，要是硅体系的话，可以加点氢氟酸或者碱加热洗涤在用完后；要是硅金属体系的话，那得看它溶解于什么酸，盐酸需要用王水：浓硝酸和浓盐酸三比一比列）。例如：用高锰酸钾溶于水中，然后加入3-5mL的浓盐酸，放到反应釜中密封好，180度水热反应5-10个小时，这样洗出的反应内胆里外清洁干净。
3、清洗方法：如王水：浓硝酸和浓盐酸三比一比例：在实验反应结束后，在水热反应釜内加入大约1:5的硝酸和水的混合溶液，然后加热到180摄氏度大约12个小时，这些数据都不是固定的，需要根据你实验反应的具体情况而定，混合溶液的比例不一定是1：5，温度也不一定到180才行，这里给各位一个参考数据。但这个方法有个缺陷，就是使得实验的重复性变差。用草酸溶液煮6个小时，160度左右的温度具体看实验情况而定。